卷一医说五脏六腑脉病虚实肝脏脉病虚实心脏脉病虚实脾脏脉病虚实肺脏脉病虚实肾脏脉病虚实胆经虚实病候小肠虚实病候胃经虚实病候大肠虚实病候膀胱经虚实病候三焦虚实病候五脏补泻主治例十二经络奇经八脉诊脉七表八里
疔毒血痣骨槽风舌菌牙菌牙岩舌岩舌疳锁喉毒盘槽痈对口瘰失荣乳岩井疽蔽骨疽石疽疵疽附骨疽串臂漏肛漏肝痈附论肺痈漫心痈马刀肾俞发少腹痈缩脚痈流注肾岩脱囊伏兔痈眼胞痰瘤脾肚发肠覃胃脘痈舌根痈鹤膝风附论麻风论鸡
医方歌括
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
金疮赋按脉论行拳法分轻重论打人论总论秘授跌打损伤要诀金枪论接骨诸方金枪不治症又接骨议论方
咽喉秘集
序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
上品卷第一玉屑玉泉丹砂水银空青曾青白青扁青石胆云母朴硝硝石矾石芒硝滑石紫石英白石英青石脂赤石脂黄石脂白石脂黑石脂太一禹余粮禹余粮青玉白玉髓璧玉合玉石陵石碧石青五羽石石流青石流赤六芝赤箭龙眼猪苓茯苓茯神
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
序上卷背痈论肺痈论无名肿毒论对口疮论脑疽论囊痈论臂痈论乳痈论肚痈论恶疽论疔疮论唇疔论鬓疽论下卷杨梅疮论腰疽论瘰论顽疮论脚疽论痔漏论大肠痈论小肠痈论